那时，自称“萨摩徽王”的王直也在平户，他勾结其领主松浦隆信，自嘉靖二十一年（公元1542年）开始，雇佣大批浪人从瑞安登陆，攻占了台州、杭州等地，大陆东南沿海陷入了倭寇之乱……
公元1550年春（嘉靖二十九年），耶稣会受大西班牙帝国皇帝之命，派了一支探险队来到平户，希希望借助黑潮与亲潮相遇汇入东向的洋流，打通东方至新大陆的航线，白海山担任大副，经过近八个月的海上航行，于当年的十一月抵达阿卡普尔科；次年，他们返航时白海山升为船长，船队刚驶过火鲁奴奴群岛，大海上突然起了飓风，据说船队成员全部遇难，谁也没有想到，二十八年后，白海山居然还活着。
听罢这个典故，林风不禁想起了当年海盗王直招安时的情况，据说，接受招安时的王直，对手下的任何人都不信任，为了把他积攒四十多年的财产运往大陆，请西洋传教士组建了一支舰队，悄悄驶往舟山群岛，途径东海时，遇到了一伙强悍的倭寇，把舰队劫持到了琉球国奄美岛。
虽然王直接受了朝廷的招安，但徐海的气焰依然十分嚣张，在陈东和麻叶两伙势力的配合下，驱使大批倭寇在浙江沿海登陆，倭寇在前面杀人放火，他们在后边抢掠，正准备南下福建时，突然传来了让他不敢相信的消息，他的夫人生下了个女儿。
徐海自知没有生育能力，立刻返回萨摩打算狠狠惩罚王翠翘，正好遇到王直来找他算账，由于奄美岛是徐海的地盘，无论如何解释，他也脱不清干系；与此同时，在罗文龙的离间下，陈东、麻叶全都和他翻了脸，加上王直的死亡威胁，戴了绿帽子的徐海几乎被逼上了绝路。
林风知道，后来，被逼无奈的徐海夫妇从奄美岛去了首里城，压根就没再搭理王直，立刻通过罗文龙接受了朝廷的招安，委托林风的叔叔把幼女交给了王公公，为此，他们拿出一大笔钱，让林风的叔叔出面，在郊外开建了这座烧酒坊。
在罗文龙的帮助下，徐海夫妇率部投奔了胡宗宪，驻扎在平湖城外，不久，官兵杀降，徐海投水而死，本以为罗文龙和王翠翘有情人终成眷属，却不料想，洞房花烛之夜，王翠翘吊死在三尺白绫之上。
王翠翘的女儿被王公公悄悄地养在了民间，林风早就怀疑，这应该是罗文龙的亲生女儿，直到刚刚看见王翠翘夫人在《无题》写道：孩儿懊悔见识短，兄言未信父言违。他这才意识到，王公公竟然会是王翠翘的亲哥哥。
徐海、王翠翘死后，余党大多逃到了琉球，罗文龙为了收买人心，找到了夫妇二人的尸首，将其埋葬在钓鱼列岛，开始培养林文俊，并以参与招安海盗的名义，给他请了功名，被封为锦衣卫北镇抚司右千户，也就是今日的林风。
不久，王公公得知罗、林二人成了严氏奸党，便设法将他们赶出了琉球，林文俊改名林一官，盘踞在徐海留下的秋目浦基地，妄图东山再起。
王翠翘的女儿在琉球民间快乐地长大，曾被琉球国王亲国戚马公子看中，如果不是马良弼认为门不当、户不对，可能早被马蜂窝娶回家去了，或许她当时根本就不知道自己的真实身份。
浙闽总督胡宗宪大人采用招安计，瓦解了王直、徐海两大海盗集团，戚继光、俞大猷、谭纶和刘显等爱国将领，在东南沿海荡平了倭寇，和王公公私交甚笃的商人林道巽，被举荐当了锦衣卫密使，留在堺町继续监视海盗残匪，因罗文龙和他的侄儿林一官投靠了严世藩，试图勾结一向宗赴大明造反，被林道巽所告发，这才有了《唐船》第一卷之“锦衣卫海外传奇”所讲述的故事。
当年，林一官因私藏被奸贼严世藩运往海外的财宝，导致秋目浦城堡被三好三人众、武田胜赖等人所灭，迫使他到尾张国去投奔织田信长，猴子不但不帮他，反而劝他回琉球继续贩运火绳枪；当他一踏进琉球，就被王公公所告发，王冲、郭奕夫妇追到首里城对其抓捕，曾被困在这家国驿馆长达数月之久。
直到琉球国尚元王找朝廷调查清楚，林文俊就是林一官、实乃严氏奸党，他才被迫改名林风，再也不敢踏进琉球国半步。
王公公的这个举措，得罪了林家酒坊的老掌柜，二人为此翻了脸，苦心积虑的王公公为了给外甥女寻个好的前程，找到了忠厚的长史郑迥，请他认这位可怜的女孩当养女。关于这段书，我们在第三卷《暗战》中曾经讲过。
失势的王室继承人尚康伯为了复辟，居然暗中勾结倭寇，被曾经支持他的王公公所抛弃，于是，王公公转而支持尚永王，稳定了琉球国的政局，由于王宫之中的太监、侍卫和宫女们大都是他的势力，连马王后也不得不买他的账，这才把郑迥家的千金嫁给尚永王，就这样，王翠翘之女进宫成了正妃娘娘。
正妃娘娘进宫前还不知自己的身世，有关那位老人的情况，入宫后曾找王公公问过，但王公公拒绝回答，于是，她把多年的积怨发泄在王公公的头上，逼迫王公公讲述了她的身世。
得知自己是海盗的女儿，正妃娘娘大吃一惊，这时，王公公告诉她，自己就是她的亲舅舅，其母王翠翘夫人，是招安海盗的大功臣，而她也不是海盗徐海的女儿。至于是不是罗文龙的女儿，不可置否的王公公既没承认、也没否认，这才让她多少安心了一些，为了保守这些秘密，她快要疯掉了，最终逼死了王公公。
那么，正妃娘娘到底是不是罗文龙的女儿？王直的财宝有没有被徐海抢走？王翠翘有没有去过结匈国？徐海、王翠翘和白海山又是什么关系？那位神秘的白海山为何会突然出现？对于这些诸多的谜团，连林风都难以解开，看来，若想知道内幕，只有找到白海山或者洪真人……
正在林风苦思冥想之际，正妃娘娘的酒醒了，郭奕陪着她要返回王宫，众人赶忙起身相送……
但林风却没动，他翻看了一会儿王翠翘的那本笔记，仔细品味着那首《无题》，终于痛下决心召集旧部，为沈琦的商队和月空长老保驾护航……
圣方济各?沙勿略，耶稣会创始人之一，奉罗马教廷之命，多次到东方传教，曾在印度取得了很大的成功。于是，他把眼光转向了马可波罗笔下的“黄金之国”，准备经马六甲前往明朝，在安汶岛补充淡水时，救了白海山。
由于明朝禁止传教，加上倭寇作乱，白海山就把他带到了日本平户，受到了藩主松浦隆信的热情款待，并留在日本传教，但他并没放弃去中国的念头。
公元1552年8月，沙勿略登上了广州上川岛，当时，该岛是葡萄牙人与中国人走私贸易的据点。
离开中国后，沙勿略去了印度，因染上疟疾而去世。
本书接下来的剧情走向，将以对精神之更深层次人性的探讨为脉络，来进行下一步的故事拓展。当海啸风暴来临，当精神信仰存疑，人性之善恶，一念天堂，一念地狱，体现为对于生的执念，对于财富的痴迷，以各种更深刻的观点，展现在《唐船》今后的海上历险之中。