皇上派兵部尚书为史可法，去跟马士英交涉。马士英却拥兵自重，拒不释放张慎言，还提出了许多苛刻的条件，惹怒了史可法。

于是，史可法联络了凤阳驻军中诸多忠君爱国的将领，于六月二十四日凌晨进入凤阳府城，包围突袭了凤阳总督府，将马士英当场斩杀，刘良佐也被俘虏捆到南京进行审判。

可以说，马士英叛乱被杀，起因就是受了刘良佐倒卖军粮的拖累。

如果不是刘良佐违法乱纪在前，朝廷也不会派刑部尚书去逮捕他。朝廷不逮捕他，马士英也不会为了保他而跟朝廷翻脸，最后被史可法当反贼给剿灭了。

如此，受到马士英、刘良佐一案的影响，江南数省官府和军队都不再敢跟专案组打马虎眼，拖延推诿了。无论涉及到谁，什么背景，他们都马上将此人停职，交给专案组处理。

七月末，安庆知府阮大铖被押解到南京，关入大理寺天牢；八月初，福王朱由崧被锦衣卫逮捕，带回了南京；同时被解职的还有淮安知府、扬州知府。

他们虽然没收受大额的贿赂，却在福王朱由崧的游说下，对淮安和扬州府不法粮商非正常涨价的事视而不见，要负一定的责任。

福王朱由崧被押解到南京后，以他的身份，却是不适宜关入大理寺天牢了。杨毅下旨，在皇宫边上找了一栋被查抄的官员府邸，将朱由崧安置了进去，进行监视软禁。

除了钱谦礼、阮大铖、刘良佐、朱由崧等主要案犯外，其他江南各省趁中原局势混乱，跟着钱谦礼等人囤积居奇、大发国难财的粮商和官员也被抓了起来，等待律法的严惩。

除了这些直接犯罪的官员和商人外，其他对此事应对不力的地方官府主事人，也被朝廷问责，拿下了不少人，贬谪到闲职上提前养老去了。

连应天府尹凌义渠也被问责，在吏部留下了一个“渎职失察、应对失措”的评语。短时间，凌义渠是不用想再得到提升了。

刘良佐、阮大铖这些人，自然逃不过律法的严惩。而朱由崧，因为他的身份，被崇祯帝下旨特赦，饶过了他的性命。但是，他福王的封号却被剥夺，一切封地福利全部收回，今后朱由崧就要以一个普通老百姓的身份在南京生活了。

对这一点，朱由崧自然是不无怨言的。

一个从小到大好吃懒做的小王子，继承福王王位后也是养尊处优的，四体不勤、五谷不分。现在一步踏错，被皇上剥夺了他的一切封号和福利，让他自己找活路，还不许离开南京，这不是为难人么？

但是，再为难也无法反对啊。自己参与不法粮商囤积居奇、大发横财，乃是铁证如山，推也推不掉的。皇上没有砍了自己的脑袋，还是看在自己父亲老福王朱常洵曾经为国捐躯的份上。

现在看来，自己是要用一顶福王的帽子，换回自己的小命了。

于是，曾经的福王朱由崧,就只能在南京城里开始到处找事做,挣钱糊口了。而这些行动，还是在锦衣卫的监督监视之下的。朱由崧却也无可奈何，谁叫自己牵扯进了这么大的案子中。

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